Waldighoffen pendant la Guerre de Trente Ans 1618 - 1648
1633
Durant cette guerre, le village avait subit d’importantes impositions et ce n’est qu’à l’arrivée des Suédois, qui commirent de nombreux excès et atrocités que la révolte des paysans du Sundgau gronda.
Après l’assassinat du comte d’Erlach à Ferrette, le 4 février 1633, les paysans de la région se rassemblèrent à Waldighoffen pour se diriger vers Altkirch afin de chasser l’ennemi. Après une heure de combat, les soldats suédois ne pouvant plus regagner le château, furent abattus.
Le 7 février, les insurgés au nombre de 4000 hommes se dirigèrent via Muespach le Bas vers Blotzheim. A Hésingue, ils assommèrent une douzaine de Suédois. Entre temps, le colonel suédois Sébastien de Harpf, rassembla une vingtaine de compagnies de cavaliers et soldats à pied. Il provoqua les paysans sur terrain découvert. Les Sundgauviens qui n’avaient aucune notion de tactique stratégique tombèrent dans le guet-apens. Plus de 800 paysans gisaient sur le champ de bataille et autant furent capturés. 41 meneurs furent pendus aux arbres et le reste conduit à Landser où environ 600 périrent.
1636
La misère des habitants était indescriptible et nombreux furent ceux qui fuyaient dans les bois se nourrissant de racines. Courant 1636, Waldighoffen fut mis à sac par des cavaliers autrichiens.
1637
En 1637, le duc Bernard de Saxe-Weimar, condottiere passé au service de la France, pénétra dans le Sundgau et après la prise de Brisach, instaura dans les territoires autrichiens conquis, un gouvernement particulier dans l’intention de devenir le chef du landgraviat. La cour royale demanda à Weimar de céder la forteresse à la France.
1638
La noblesse sundgauvienne en exil à Bâle, inquiète des agissements de Weimar, se réunit le 20 décembre 1638 dans la demeure bâloise de Béat Albrecht de Ramstein, pour décider de la position à prendre envers le vainqueur de Brisach.
1639
Après la mort de Weimar, en décembre 1639, la région passa sous protection française.
1640
En mai et juin 1640, Hermann d’Eptingen, Beat Albrecht et Jean Caspar de Ramstein, de Waldighoffen mais exilés à Bâle, avaient émis des réserves à la couronne de France.
1648
Le traité de Westphalie, le 24 octobre, allait ramener enfin la paix et un calme relatif et modifier le sort politique du Sundgau. Par l'article 74, l'Empereur, tant en son nom qu’en celui de la Maison d'Autriche et l'Empire, renonça entre autres à tous ses droits et domaines, propriétés et juridictions lui appartenant dans le Sundgau, et les transféra au Roi et à la Couronne de France. Les quelques habitants qui survécurent à la famine, aux épidémies et aux atrocités des mercenaires, ainsi que rentrés de Suisse, avaient beaucoup de mal à reconstruire leurs maisons. Beaucoup de villages du Sundgau détruits et incendiés, ne furent plus reconstruits et disparurent ainsi pour toujours.